1942 оны 10 дугаар сарын 5-нд байгуулагдсан Монгол улсын анхны их сургууль юм. Зоотехник, багш, хүн эмнэлгийн гурван салбартай, 140 оюутан, 34 багштайгаар анх нээлтээ хийжээ. 1946 онд анхны төгсөлтөө хийсэн бөгөөд 1970 оноос сургууль цэцэглэн хөгжиж эхэлсэн байна. 1995 оноос бакалаврын, магистрын, докторын зэрэг олгодог гурван үечилсэн систем рүү бүрэн шилжжээ. 1994-1995 онд кредит цагийн системийг нэвтрүүлэх төлөвлөгөөг амжилттай хэрэгжүүлж 43 салбарын 60 гаруй мэргэжлийн сургалтын төлөвлөгөөг шинэчилжээ. 1994 онд анхны 13 хүн магистрийн зэрэг хамгаалсан байна. 1999 онд Дээд боловсролын магадлан итгэмжлэх үндэсний зөвлөлийн шийдвэрээр Дээд боловсролын сургалтын байгууллагын магадлан итгэмжлэл хийлгэжээ.
Одоогийн байдлаар Математик компъюторын сургууль, Физик электроникийн сургууль, Мэдээллийн технологийн сургууль, Нийгмийн шинжлэх ухааны сургууль, Хуульзүйн сургууль, Олон улсын харилцааны сургууль, Худалдаа үйлдвэрлэлийн сургууль, Монгол хэл соёлын сургууль, Эдийн засгийн сургууль, Гадаад хэл соёлын сургууль, Биологи биотехнологийн сургууль, Газарзүй геологийн сургууль, Химийн химитехнологийн сургууль гэсэн нийт 12 салбар их сургуулиас бүрдэж, Завхан аймагт Гадаад хэлний сургууль, Орхон аймагт Эдийн засгийн сургууль, Ховд аймагт Багшийн сургуулиуд үйл ажиллагаа явуулж байна. Монгол улсын хүн амын гуравны нэг нь МУИС-ийг төгссөн гэсэн судалгаа бий. Гадаадын 129 их дээд сургуультай хамтын ажиллагаатай ажилладаг.